Institut für Angewandte Physik - Arbeitsgruppe Prof. Dr. Nienhaus

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Open position

PhD Position in Super-resolution RNA Imaging

Topic
Genetically encodable fluorescence markers for imaging of specific RNA molecules in live cells are still very limited. Within the project ‘Super‐resolution RNA Imaging with Aptamer‐ PAINT’, funded by the Baden‐Württemberg Stiftung (collaboration with the Jäschke lab, IPMB, U Heidelberg), we develop advanced light‐up RNA aptamers for live‐cell superresolution localization microscopy applications.

Candidate
We are looking for an excellent, highly motivated person with a degree in (bio)physics, physical chemistry or related fields who is interested in working in an interdisciplinary team and who is strongly committed to careful biophysical experimentation (single molecule imaging) and computer‐based quantitative data acquisition and analysis.

References
Wirth, R.; Gao, P., Nienhaus, G. U., Sunbul, M. and A. Jäschke. SiRA: A Silicon Rhodamine‐ Binding Aptamer for Live‐Cell Super‐Resolution RNA Imaging. J. Am. Chem. Soc. 141, 7562 (2019)
Sunbul, M., Lackner, J., Martin, A., Englert, D., Hacene, B., Grün, F., Nienhaus, K., Nienhaus, G. U., & A. Jäschke. Super‐resolution RNA imaging using a rhodamine‐binding aptamer with fast exchange kinetics. Nature Biotechnol., in press.

 

Für weitere Informationen: uli.nienhaus∂kit.edu

 

PhD Position in Advanced Fluorescence Microscopy

We are looking for excellent applicants with a Master‘s degree in
physics/biophysics (and related disciplines) who are strongly committed to
the development and application of optical microscopes, careful
experimentation and computer‐based quantitative data acquisition and
analysis
Für weitere Informationen: uli.nienhaus∂kit.edu

 

Die Arbeitsgruppe (Prof. G. U. Nienhaus) bietet ständig die Möglichkeit der Mitarbeit in den aktuellen Forschungsprojekten an (im Rahmen einer Bachelor- oder Diplomarbeit, einer Promotion, eines Promotionsstipendiums oder als Postdoc)

 

Bachelorarbeiten:

  • Implementierung eines Software-Algorithmus zur schnellen Auswertung von biophysikalischen Messungen mit der Methode Fluoreszenz-Korrelations-Spektroskopie (Ansprechpartner: Dr. Gernot Guigas)
  • Entwicklung eines Deep-Learning-Computermodells zur Identifikation von Protein-Clustern in Fluoreszenz-Mikroskopiebildern (Ansprechpartner: Dr. Gernot Guigas)
  • Aufreinigung und Charakterisierung des Signalproteins Wnt (Ansprechpartner: Dr. Gernot Guigas)
  • Aufbau eines Hanbury-Brown-Twiss-Experiments zur Untersuchung der Quantennatur von Licht für das Physikalische Praktikum (Ansprechpartner Dr. Gernot Guigas)

 

Masterarbeiten:

  • Untersuchung der Kommunikation zwischen Zellen über den Wnt-Signaltransduktionsweg (Ansprechpartner: Dr. Gernot Guigas)
  • Aufreinigung und Charakterisierung des Signalproteins Wnt (Ansprechpartner: Dr. Gernot Guigas)
  • Investigation of the isomerization kinetics of the chromophore of fluorescent proteins on the single molecule level (Ansprechpartner: Jens Lackner)
  • Implementation of four objective lens light-sheet microscope design for multi-scale image acquisition (Ansprechpartner: Dr. Andrei Kobitski)

 

Doktorarbeiten:

  • STED-Mikroskopie – Entwicklung adaptiver Optik und 3D-Bildaufnahmen des Zellkerns (Ansprechpartner: Dr. Gernot Guigas)